Die Erstbesiedlung des Gemeindegebietes von Hohenruppersdorf erfolgte vermutlich vor dem Jahre 955 oder kurz danach. Als Beweis können zugeschüttete Mauerreste um den Kirchenplatz und eine romanische Kirche angeführt werden.
Der heutige Ort, wurde als wehrhaftes Angerdorf im 11. Jahrhundert gegründet. Dies geschah also ein Jahrhundert vor der ersten Erwähnung in einem Milieu, das noch keine Schriftlichkeiten kannte. Daher gibt es über die Gründung des Dorfes und zur Person des namengebenden Mannes keine Aufzeichnungen.. Die ältesten Erwähnungen von Hohenruppersdorf oder Ruprechtsdorf, wie es damals genannt wurde, stehen in Zusammenhang mit kirchlichem Besitz. Wie in den meisten Dörfern Niederösterreichs gab es aber von Anfang an mehrere Grundherrschaften im Ort, darunter auch weltliche, wie die Babenberger, welche den größten Anteil hatten. Schon im ältesten landesfürstlichen Urbar (Besitzverzeichnis) Niederösterreichs aus dem 13. Jahrhundert kommt Hohenruppersdorf vor. Verzeichnet sind darin über 50 bäuerliche Ansitze, gegliedert in größere „beneficia“ (die späteren Ganz- und Halblehner) und kleinere „areae“ (die Hofstättler). Erwähnt sind ferner Äcker, Weiden, Weingärten und ein größeres Waldgebiet, das forstlich und für die Jagd genutzt werden konnte.
Von den Landesfürsten bekam der Ort Sonderrechte (Privilegien), diese wurden von den nachfolgenden Herrschern immer wieder bestätigt. So wurde Hohenruppersdorf bereits 1324 Markt genannt und erhielt das Recht, daß sich kein Adeliger im Burgfrieden ansässig machen darf und der Richter von den Bürgern zu wählen ist. Durch Teilung der Hausplätze und der Hausgründe sowie durch die Besiedelung des Marktplatzes mit Handel- und Gewerbetreibenden gewann Hohenruppersdorf an Größe und Bedeutung. Noch 1564 war Hohenruppersdorf der weitaus größte Ort des Bezirkes Gänserndorf.
Das Ortsbild von Hohenruppersdorf wird heute noch von seiner Pfarrkirche dominiert. Die Pfarre wurde 1347 selbständig und gehörte zum Patronat der Kartause Mauerbach. Nach Aufhebung der Kartause 1782 kam die Pfarre unter die Patronanz des Religionsfonds.
Um 1513 schmückten eine romanische und eine gotische Kirche sowie eine von der Gemeinde errichtete Allerheiligenkapelle den mit Mauern und Gräben umgebenen Kirchenplatz. Bei der Auflösung des Benefiziums omnium Sanctorum war ein hoher Betrag (14.000 Gulden) vorhanden, der nach Bewilligung durch den Religionsfonds zum Bau der heutigen barocken Kirche verwendet wurde.
Im Jahre 1745 wurde die vizedomische Administration aufgelassen und deren Güter verkauft. Da ergriffen die Besitzer der 151 bestifteten Häuser die Gelegenheit und kauften sich im Jahre 1755 um die bedeutende Summe von 48.000 Gulden für immer frei. Die Besitzer dieser Häuser haben seit dieser Zeit Anteile am Waldbesitz. Die damals noch vorhandenen „Batzenhäusl“ besaßen keinen Grund und kamen dadurch nicht in den Besitz des Waldes.
Über kriegerische Drangsale, Plünderungen und feindliche Angriffe sind wenige Aufzeichnungen vorhanden, doch ist anzunehmen, daß der Ort von den allgemeinen Wirren nicht verschont wurden. Auch große Feuersbrünste, Mißernten und Krankheiten suchten die Bewohner heim.
Furchtbar waren die Ereignisse im Jahre 1945 bei der Einnahme durch die russische Armee, wo der Ort dreimal den Besitzer wechselte und 31 Privatpersonen neben zahlreichen Soldaten den Tod fanden. Über 120 Gebäude wurden schwerst beschädigt sowie die Wohnungen, Ställe, Keller und Scheunen geplündert.
Nach dem zweiten Weltkrieg kam die Wirtschaft nur langsam wieder in Gang. Es dauerte Jahre, bis die Not ein Ende nahm und sich wieder Wohlstand einstellte. Die wirtschaftliche Bedeutung des Ortes , welche er im 16. Jahrhundert besaß, konnte jedoch nicht zurückgewonnen werden.
